Centro de Referência baseia-se no conceito de rede cooperativa entre instituições, cada uma delas com tarefas especializadas e coordenadas entre si, refletindo seu espírito multidisciplinar. Na verdade, não é um centro "fisicamente materializado", mas um conjunto virtual, onde as diversas tarefas são divididas de acordo com o critério de otimização de competência. A estrutura organizacional do InfoHAB é composta pelos Núcleos Vinculados, sob a responsabilidade da  ANTAC e a coordenação geral de uma Secretaria Executiva, sendo gerido por um Fórum de Coordenadores.

A Secretaria Executiva é encarregada dos aspectos operacionais e da coordenação geral e logística, bem como, pelos aspectos técnico-administrativos, representando o InfoHAB nos convênios e demais atos administrativos.

Os Núcleos Vinculados são instituições técnicas responsáveis pela coleta primária de informações, de acordo com sua especialização e competência, responsabilizando-se pela garantia de origem das informações, assim como o seu controle de qualidade.

O  Núcleo de Sistemasé responsável, em conjunto com a Secretaria Executiva (SEXEC link), pelos sistemas informatizados e suas normas operacionais. Em apoio a esta estrutura, existe o Comitê Consultivo que apóia as políticas e o plano geral de atuação, suas diretrizes estratégicas e as linhas operacionais gerais do Centro, garantindo que o InfoHAB direcione seus esforços para onde o setor indique as maiores necessidades. Neste Comitê terão assento os representantes da ANTAC, MCT, FINEP, Caixa Econômica, CNPq, SEDU, CBIC e do Fórum da Indústria e Comércio de Materiais de Construção.